Modell för virusspridning i Sverige ska visa effekt av olika åtgärder

I vanliga fall forskar Jasmine Gardner, postdoktor vid institutionen för kemi vid Uppsala universitet, om proteiner. Men sedan två veckor tillbaka har hon lagt den forskningen åt sidan. Istället för att titta på hur atomer beter sig bygger hon nu en modell där hon räknar på Sveriges invånare och smittspridning.

Modellen laddas med information om individerna i Sveriges befolkning, så som ålder, sysselsättning och geografisk position. Den omfattande geografiska och demografiska informationen kompletteras med kulturella parametrar som forskarna hämtat från studier av länder som påminner om Sverige. Det kan till exempel handla om hur många kontakter varje individ har varje dag och hur vi reser.

För att kunna mata modellen med rätt information samarbetar Gardner och hennes kollegor med epidemiologer som har kunskap om vilka faktorer som påverkar hälsan hos en befolkning.

– Det har varit väldigt intressant att arbeta tillsammans med forskare från andra fält i det här projektet. Jag har uppskattat de olika perspektiven, säger Jasmine Gardner.

Kräver mycket datorkraft

För att kunna utföra beräkningar baserade på över 10 miljoner individer och så mycket information kopplad till var och en av dessa personer krävs stora mängder datakraft. Forskarna har därför fått tillgång till flera så kallade superdatorer, bland annat Uppmax i Uppsala men också HPC2N i Umeå, NSC i Linköping, och PDC i Stockholm.

Modellen avvänder data från hur smittan spreds i Kina och inom kort hoppas forskarna kunna presentera siffror över hur spridningen av coronaviruset kan tänkas fortlöpa i Sverige, beroende på vilka åtgärder som sätts in. De förbereder fem olika scenarier i spannet – inga åtgärder alls – upp till stängning av skolor och stor grad av isolering.
Forskningen leds av Uppsalaforskarna Lynn Kamerlin, professor vid institutionen för kemi och Wallenberg Scholar, Peter Kasson, universitetslektor vid institutionen för cell- och molekylärbiologi samt Nele Brusselaers, forskare i klinisk epidemiologi vid Karolinska Institutet. Ett dussintal forskare vid Uppsala universitet har varit inblandade i projektet samt forskare vid KI, KTH och University of Antwerp.

Resultat kan vara vägledande

Professor Tove Fall vid Uppsala universitet är en av de epidemiologer som bidragit till modellen.

Vilken nytta kan beslutsfattare och allmänhet ha av resultatet från dessa beräkningar?

– Resultaten kan vara till vägledning för att förstå hur olika åtgärder kan påverka smittspridning och vårdbehov. För allmänheten kan de också illustrera vikten av att följa rekommendationerna kring social distansering.

Hur väl kommer modellens utfall att kunna spegla verkligheten?

– Just nu saknas en hel del viktig information såsom hur många som är smittade idag i Sverige och hur rekommendationerna påverkat människors kontakter med andra. Här får vi göra uppskattningar utifrån den data som finns. En annan viktig parameter som är osäker är i vilken utsträckning personer utan symptom smittar. Ju mer vi lär oss om viruset och smittans utbredning från pågående studier, desto bättre prognoser kommer vi kunna göra. Prognoserna kommer alltså kunna ge vägledning i effekter av olika åtgärder och ge en uppskattning om vårdbehov, men det finns stora osäkerhetsfaktorer, säger Tove Fall.

Text: Linda Koffmar

Artikeln är också publicerad på Uppsala universitets hemsida