Abborrens arvsmassa kartlagd

Abborrens genom innehåller cirka en miljard baspar (nukleotider) i sitt DNA, och över 23 000 gener. Människans arvsmassa innehåller tre gånger så många baspar, 3 miljarder, men ungefär samma antal gener.

– Jämfört med många andra fiskgener som har kartlagts så håller den här genom-beskrivningen av abborre hög kvalitet. Kartläggningen är viktig eftersom den bland annat kan hjälpa oss att förstå varför abborren har blivit en av de mest framgångsrika sötvattensarterna i Eurasien, säger Anti Vasemägi, professor vid institutionen för akvatiska resurser vid Sveriges lantbruksuniversitet (SLU Aqua).

Kan motverka utsläppen av växthusgas
Abborre (Perca fluviatilis) är en mycket vanlig fiskart i hela Eurasien, från de brittiska öarna till östra Ryssland. Arten kan leva i mycket olika miljöer; som dammar, floder och sjöar men även i Östersjöns bräckta vatten. Abborren är dessutom den enda fiskart som kan frodas i sura, mörka, humusrika sjöar där andra fiskarter inte överlever. Nya studier har också visat att abborren kan minska utsläppen av den kraftfulla växthusgasen metan genom att förändra födoväven i humusrika sjöar.

– Att rovfiskar som abborre kan ha den här metanreducerande effekten gör det extra viktigt att förstå de genetiska mekanismerna bakom anpassningen till den här mörka vattenmiljön, där metanhalten är hög och abborren är ofta den enda överlevande fiskarten, säger Anti Vasemägi.

Kommersiellt viktig fisk
I Sverige är abborre en populär målart för fritidsfisket och i många länder är den också kommersiellt viktig för yrkesfisket. Den är också en lovande sötvattensart för framtida fiskodling.

– När vi nu känner till abborrens genom så kan forskare också mer noggrant undersöka vilka delar av genomet som påverkar fiskens tillväxt, mognad, sjukdomsresistens och andra ekonomiskt viktiga faktorer, säger Dr. Mikhail Ozerov, försteförfattare till studien och forskare vid Åbo universitet.

– Nästa steg är att ta reda på vilka molekylära mekanismer som ligger bakom abborrens anpassning till ett liv i humusrika sjöar och de ekologiska konsekvenser som detta kan ha, säger Anti Vasemägi.

Fotnot:
Studien har finansierats av Finlands Akademi och Estlands ministerium för utbildning och forskning

Artikel:
Highly Continuous Genome Assembly of Eurasian Perch (Perca fluviatilis) Using Linked-Read Sequencing http://www.g3journal.org/content/early/2018/10/24/g3.118.200768

Kontakt:
Anti Vasemägi, professor, Institutionen för akvatiska resurser (SLU Aqua), anti.vasemagi@slu.se, 010-478 42 77