Ny metod gör det lättare att hitta rätt biomarkör
Det finns ett ökande behov av biomarkörer för tidig diagnostik av sjukdomar och uppföljning av behandling. Så kallade exosomer är en lovande typ av biomarkör, men det kan vara svårt att se vilka vävnader de kommer ifrån. En ny metod kan nu effektivt identifiera ytproteiner på enskilda exosomer.
Exosomer frisätts från alla kroppens celler. De är membranklädda strukturer som kan transportera proteiner och nukleinsyror mellan cellerna. De är också lovande som cirkulerande biomarkörer för till exempel tumörprogression och metastasering och för tidig upptäckt av neurodegenerativa sjukdomar.
För att praktiskt utnyttja exosomer för diagnostik är det viktigt att kunna skilja mellan exosomer från olika vävnader utifrån de proteiner de bär på ytan. Forskare vid Uppsala universitet och det avknoppningsföretaget Vesicode AB har tillsammans utvecklat en metod som möjliggör effektiv kartläggning av ytproteinerna på ett stort antal individuella exosomer i stora mängder prover.
Identifierar ytan på enskilda exosomer
Den nya teknologin ”proximity barcoding assay” (PBA) identifierar ytproteinprofilerna för tiotusentals individuella exosomer i ett prov genom att kombinera DNA-konjugerade antikroppar med DNA-sekvensering. Tekniken gör det möjligt att identifiera proteinerna på stora antal enskilda exosomer genom att individuellt märka dessa med hjälp av mikrometerstora och unikt kodade DNA-kluster.
Tekniken kommer inte bara att gynna forskare som studerar exosomers biologi, utan den kan också användas för att storskaligt söka efter exosomer som kan tjäna som biomarkörer vid olika sjukdomar.
Möjliggör storskalig screening för biomarkörer
– Vi kommer att tillgängliggöra PBA-tekniken för forskare senare i år och vi tror att denna analys av enskilda exosomer kommer att möjliggöra att denna nya och spännande grupp av biomarkörer når sin fulla potential, säger Di Wu, forskare och uppfinnare av PBA-tekniken och grundare av Vesicode AB, som kommersialiserar tekniken.
– PBA-tekniken kommer att möjliggöra storskalig screening för biomarkörer vid olika sjukdomar och tekniken kompletterar därmed metoder vi tidigare utvecklat för känslig och specifik diagnostik med hjälp av exosomer, säger Masood Kamali-Moghaddam, en av gruppledarna vid enheten för molekylära verktyg vid Uppsala universitet.
Vetenskaplig artikel:
Profiling surface proteins on individual exosomes using a proximity barcoding assay. Wu et al. (2019) Nature Communications
Kontakt:
Di Wu, Di Wu, forskare och uppfinnare Vesicod, di.wu@vesicode.com
Masood Kamali-Moghaddam, Uppsala universitet, masood.kamali@igp.uu.se
Ulf Landegren, Uppsala universitet, ulf.landegren@igp.uu.se
