Nytt sätt att analysera data från röntgenlaser spar resurser
Både tid och pengar kan sparas i framtida forskning inom strukturbiologi genom en nyutvecklad programvara för att analysera bilder från röntgenlaserapparaturer. Det visar en studie i Nature Methods. Programvaran, som är helt öppen, bygger på en ny metod för att analysera data från röntgenlasern och har tagits fram av ett internationellt forskningsteam där Jonas Sellberg, från Stockholms universitet, ingår.
Ett av problemen man står inför idag är att röntgenstrålarna är så starka att de förstör kristaller. Det är dyrt att framställa kristallerna och svårt att få dem identiska. Samtidigt kostar det omkring 200 000 kronor per timme att använda röntgenlaserapparaturen. Att hitta en metod för att korta experimenttiden har därför varit angeläget.
– Med hjälp av den här nya metoden kan man förkorta experimenttiden avsevärt, vilket sparar pengar och ger möjlighet att utföra fler experiment, säger Jonas Sellberg som är doktorand i kemisk fysik vid Stockholms universitet.
Tack vare den nya metoden kan man nu orientera dubbelt så många kristaller än tidigare, utan att försämra upplösningen.
– Med de gamla metoderna har man behövt minst 10 000 diffraktionsmönster för få samma upplösning, med den nya metoden är det endast 1 700 kristaller som bidrar till den högupplösta strukturen, säger Jonas Sellberg.
Jonas Sellberg har arbetat med att utveckla jetstrålar som kan leverera de biologiska kristallerna till brännpunkten. Han har även arbetat som operatör av jetstrålningsapparaturen under experimentet.
– Under min doktorandtid tillbringade jag tre år på SLAC-labbet i Kalifornien och arbetade då med liknande experiment. Från det arbetet fick jag mycket teknisk erfarenhet kring hur man opererar jetstrålningsapparaturen, vilket har kommit väl till användning i det här experimentet, säger Jonas Sellberg.
FAKTA
Studien är ett resultat av ett internationellt samarbete mellan Sverige, USA, Tyskland, Storbritannien och Frankrike. Programvaran cctbx.xfel är ”open source” och kan alltså laddas ner av vem som helst (länk till programvaran: http://cctbx.sf.net, med en introduktion: http://cci.lbl.gov/xfel.
Studien i Nature Methods: http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.2887]
Mer information: http://www-public.slac.stanford.edu/lcls/aboutlcls.aspx
