Nytt verktyg för kartläggning av bananflugans genetik
Bananflugan har länge varit viktig för att identifiera gener och mutationer som ligger bakom fysiska defekter, men forskningen har försvårats av bristen på effektiva metoder. I dagens nätupplaga av Nature Methods presenterar en europeisk forskargrupp, med forskare från Uppsala universitet, en helt ny forskningsresurs för att kartlägga bananflugans genetiska mutationer.
Det nya redskapet, som innefattar ett helt “paket” med metoder, förenklar identifikation av mutationer i bananflugan, Drosophila melanogaster. Genkartläggningen i bananflugan är den hittills största tillämpningen av den så kallade minisekvensningsmetoden, som forskargruppen i Uppsala tidigare utvecklat och regelbundet använder i teknikutvecklingsprojekt.
– Vår metod lämpar sig väldigt bra för genkartläggning i bananflugan. Man kan analysera flera hundra markörer i 80 bananflugor samtidigt, vilket gör metoden både flexibel och tillräckligt billig, säger professor Ann-Christine Syvänen, som ledde den del av arbetet som utfördes i Uppsala.
Forskargruppen utvecklade först en karta av genetiska markörer (s k singel nukleotidpolymorfismer; SNP) som täcker bananflugans arvsmassa med hög täthet. Kartan kan jämställas med den så kallade HapMap-karta för människan som blivit ett viktigt hjälpmedel för att identifiera sjukdomsgener. Förutom SNP-kartan finns också en nyskapad “biobank” bestående av 62 olika bananflugestammar, som tillsammans med genkartan möjliggör snabb lokalisering av mutationerna till någon del av bananflugans tre kromosomer. Till detta kommer minisekvenseringsmetoden för snabb genanalys med hjälp av kartan, liksom ett datorprogram för tolkning av resultaten.
Med de nya redskapen kunde gruppen snabbt identifiera 14 olika mutationer som ger upphov till typiska embryonala mönster i bananflugans muskler.
– Dessa resurser görs nu allmänt tillgängliga för alla forskare som använder bananflugan i sin forskning, säger Ann-Christine Syvänen.
Studien utfördes i samarbete ett av Europas ledande laboratorier för utvecklingsbiologisk forskning med hjälp av bananflugan vid Institutet för molekylär patologi i Wien.
Kontaktinformation
För mer information, kontakta professor Ann-Christine Syvänen, Institutionen för medicinska vetenskaper, tel. 018-611 29 59, e-mail: Ann-Christine.Syvanen@medsci.uu.se
