Ny analysmetod för behandling av NMR-data framtagen
Vid framställning av läkemedel används bland annat NMR-teknik för att studera proteinstrukturer. Men eftersom proteiner består av tusentals atomer blir NMR-spektra mycket komplicerade, vilket gör att den manuella efterbehandlingen tar lång tid. I en avhandling från Göteborgs universitet presenteras en ny, automatiserad analysmetod.
Med hjälp av NMR, eller kärnmagnetisk resonans, kan man identifiera atomkärnor i proteiner och därmed se hur proteiner kommunicerar med andra molekyler. Metoden lämpar sig också mycket bra till att studera proteiners struktur. Inom läkemedelsindustrin blandas protein med olika mindre molekyler för att se om någon av dessa fastnar på proteinet, vilket kan betyda att just den molekylen kan användas i ett läkemedel.
Gemensamt för nästan all användning av NMR för mätning på proteiner är att både själva mätningen och den manuella efterbearbetningen av data tar lång tid. Eftersom proteiner består av tusentals atomer blir NMR-spektra mycket komplicerade; NMR-spektra av proteiner är flerdimensionella och består ofta av flera miljoner datapunkter.
De senaste åren har ett par olika varianter presenterats på hur man snabbare kan samla in den information man vill ha från NMR-experiment. Gemensamt för dessa är att mätdata blivit ännu mer komplexa och den tid forskaren tjänar på snabbare mätning riskeras att snabbt förloras då den manuella efterbearbetningen tar ännu längre tid.
Daniel Malmodin presenterar i sin avhandling en metod som utifrån mätdata från en mycket snabb variant av datainsamling, räknar ut den efterfrågade informationen. Den nya metoden gör det möjligt att utföra nya typer av experiment som inte är möjliga med de konventionella metoderna, eftersom de helt enkelt tar för lång tid.
Kontaktinformation
För mer information, kontakta:
Daniel Malmodin
Institutionen för kemi
Tel: 031-773 3940
Mobiltelefon: 0736-578875
E-post: daniel.malmodin@chem.gu.se
Handledare: Prof. Martin Billeter, tel: 031-773 3925
E-post: martin.billeter@chem.gu.se
Avhandlingen har titeln: “Efficient recording and processing of protein NMR spectra”.
Disputationen äger rum: Fredagen den 7 april 2006, kl 10.00 i sal Nils Nilsson, Medicinaregatan 3B, Göteborg
