Tema

Ny matematisk metod underlättar genanalys

Matematikern Ingrid Lönnstedt har utvecklat en statistisk metod som ska hjälpa molekylärbiologer att göra genanalys. Hon försvarar sin avhandling vid Uppsala universitet den 16 september.

Ingrid Lönnstedts forskning handlar om att utveckla statistiska metoder för analys av komplicerade biologiska experiment. I samarbete med forskare från Australien, USA, Stockholm och Uppsala har hon utarbetat en ny metod, B, för analys av data från så kallade microarrayexperiment. En microarray är en cirka två gånger fem centimeter stor glasskiva med tusentals små prickar på. Var och en av prickarna representerar en gen. Genom experimentet färgas prickarna mer eller mindre med röd och grön färg, beroende på om provet innehåller en viss gensekvens eller inte. Resultatet blir tusentals siffror, som talar om hur olika gener påverkas av exempelvis en cancerbehandling. Siffrorna är svåra att sammanfatta med traditionella statistiska metoder.

Med Ingrid Lönnstedts metod kan man med datorns hjälp sålla ut de omkring 20 av 5 000 gener som påverkats av en medicinsk behandling. Det innebär att arbetet underlättas betydligt och går mycket snabbare. Metoden innebär att färgresultaten sammanfattas till ett så kallat M-värde för var och en av de kanske 5 000 generna man undersöker. De gener som inte påverkas av en behandling får värdet 0, medan de som påverkas får ett högre eller lägre värde.

– Det gäller alltså att avgöra vilka gener som har ett M-värde markant större eller mindre än noll, förklarar Ingrid Lönnstedt.

Metoden har hittills varit mycket uppskattad i biomedicinska kretsar. Därför har varianter av metoden utvecklats för stora experiment där flera behandlingar jämförs parallellt på olika microarrayer.

– Jag tycker det är jättekul att som matematiker kunna hjälpa till i den spännande genomforskningens frontlinje. Nu när man kartlagt människans och många andra organismers gener vill man bestämma varje genes funktion, och det är där microarrayexperiment används, säger Ingrid Lönnstedt.

Kontaktinformation
För mer information kontakta Ingrid Lönnstedt på 018-471 28 42 eller via e-post: ingrid.lonnstedt@math.uu.se

Ny matematisk metod underlättar genanalys

 lästid ~ 1 min