Vilka är sjukdomsgenerna?
I sin doktorsavhandling presenterar Staffan Nilsson från Matematisk statistik vid Chalmers, förbättrade metoder för att finna sjukdomsgener.
Genom att studera nedärvningen av stora mängder så kallade genetiska markörer hos sjuka individer hoppas läkare och genetiker kunna finna sjukdomsgener och därmed öka förståelsen för sjukdomarna och i förlängningen hitta rätt
mediciner och vid mycket allvarliga sjukdomar ge genetisk rådgivning.
För att rätt utvärdera den stora mängd information man får vid dessa studier krävs statistiska metoder. Arbetet behandlar sådana metoder och tillämpningar av dessa på de
ärftliga sjukdomarna MS, psoriasis och celiaki. De metoder
som belyses kan delas in i kopplingsanalys och
associationsanalys. I kopplingsanalys samlas DNA prov från
friska och sjuka individer i en släkt. Det nedärvningsmönster man ser av sjukdomen jämförs med nedärvningsmönstret av en liten del DNA med känd position, en s.k. markör. Om markören ligger fysiskt nära sjukdomsgenen förväntar man sig en hög grad av mönstersamstämmighet. I associationsanalys jämförs sjuka och friska med avseende på frekvenser av olika varianter, så kallade alleler, av en markör. Om markören ligger mycket nära en sjukdomsgen kommer frekvenserna att vara olika.
I avhandlingen visas hur kopplingsanalys kan förbättras
genom fästa större vikt vid familjer vars sjukdomsstrukturer i någon mening är lämplig för den statistiska metoden. Vidare visas hur en klass av associationsanalyser, som baseras på DNA prov från sjuka och deras föräldrar, kan förbättras genom att mer vikt läggs vid de familjer som vid
kopplingsanalysen visats vara troliga bärare av en sjukdomsgen nära den studerade markören. Slutligen är det
främsta resultatet i avhandlingen en genomgång av hur
bevisvärdet vid en testsituation med många markörer kan
förbättras. En konsekvens av de förbättrade metoderna är att chansen att med ett befintligt DNA material finna en sjukdomsgen ökar markant. Ett annat sätt att betrakta
effektökningen är att man behöver samla mindre material för
att statistiskt säkerställa ett samband mellan en markör och
en sjukdomsgen.
Avhandlingen “Which Genes are Involved? – Statistical Planning and Analysis of Human Genetic Disease Samples”
försvarades vid en offentlig disputation på Chalmers den 7 september
Arbetet har utförts i nära samarbete med forskare inom
klinisk genetik, pediatrik, neurologi och dermatologi vid
Sahlgrenska universitetssjukhuset, dermatologi vid
Karolinska sjukhuset, samt transplantationsimmunologi i Oslo.
Mer information:
Staffan Nilsson, telefon 031-772 35 66, 031-25 08 62.
E-post: staffan@math.chalmers.se
